Als die Nationalsozialisten die Macht übernahmen, führte Gottfried Bermann Fischer, der Schwiegersohn des Verlagsgründers, den Berliner S. Fischer Verlag. Im Jahr 1936 entschloss er sich, mit dem Verlag nach Österreich zu gehen, um die in Deutschland unerwünschten und verbotenen Autoren weiterhin publizieren zu können. Er verkaufte einen Teil des Geschäfts, der mit den ungefährdeten Autoren als S. Fischer Verlag unter der Leitung von Peter Suhrkamp in Berlin blieb. Er selbst zog mit seiner Frau und den Kindern nach Wien und gründete dort den Bermann-Fischer Verlag. 

Nach der Annexion Österreichs 1938 war die Familie zur Flucht gezwungen. Über Stationen in Italien und der Schweiz ging sie nach Schweden. In Kooperation mit dem in Stockholm ansässigen Bonnier Verlag und als Vertriebsgemeinschaft mit den Amsterdamer Verlagen Querido und Allert de Lange konnte der Verlag seine Arbeit fortsetzen. Brigitte Bermann Fischer kümmerte sich als gelernte Buchgestalterin um die Ausstattung und die grafische Werbung vieler Titel. Der Bermann Fischer Verlag publizierte weiterhin deutschsprachige Literatur – allerdings nicht mehr für den deutschen Markt, sondern als Exilverlag für die deutschsprachigen Emigranten in aller Welt.

Nach dem Einmarsch der deutschen Wehrmacht 1940 wurde Bermann Fischer für fünf Wochen in Schutzhaft genommen und anschließend ausgewiesen. Die Familie floh in die USA, während der Verlag in Stockholm seine Arbeit fortsetzte. In New York gründete der Verleger mit Fritz Landshoff zudem den englischsprachigen Verlag L. B. Fischer Publishing. Im Auftrag des amerikanischen Militärs konzipierte Bermann Fischer kurz vor Kriegsende eine Taschenbuchreihe für die deutschen Kriegsgefangenen in den USA: Unter dem Reihentitel „Neue Welt“ erschien als Band 1 Der Zauberberg von Thomas Mann. 

Nach dem Krieg kehrte Bermann Fischer nach Europa zurück. Eine Zusammenführung der beiden 1936 getrennten Verlagsteile unter dem Namen S. Fischer gelang nach einem Zerwürfnis mit Peter Suhrkamp nicht. Ein Teil der Autoren wechselte 1950 zum neu gegründeten Suhrkamp-Verlag.

Weiterführende Literatur:
Bermann Fischer, Gottfried: Bedroht – Bewahrt. Der Weg eines Verlegers. Frankfurt am Main: Fischer Taschenbuch Verlag 1982
Gottfried Bermann-Fischer: Wanderer durch ein Jahrhundert. Frankfurt am Main: Fischer Taschenbuch Verlag 1995