Durch Wilhelm Hausenstein Mitte der 1920er Jahre in Frankfurt am Main miteinander bekannt gemacht, entstand zwischen Lilly von Schnitzler und Max Beckmann eine lebenslange freundschaftliche Beziehung. Beckmann lernte über Lilly bzw. das Ehepaar von Schnitzler immer wieder Persönlichkeiten des zeitgenössischen Kunstgeschehens kennen. In mondänen Kurorten wie Baden-Baden oder Abano Terme, in denen der Maler sich gerne auskurierte, vermittelte die Sammlerin ihm so manchen wichtigen Kontakt. Auch nachdem Beckmann von den Nationalsozialisten als „entartet“ diffamiert wurde, erwarb Lilly von Schnitzler weiterhin Bilder des Malers, sie besuchte ihn sogar zweimal im Amsterdamer Exil, von der Erinnerung an den zweiten Besuch hat sich eine Tonaufnahme mit ihrer mündlichen Erzählung der Begebenheit erhalten.

Den Auftrag für die Illustration zu Goethes Faust II 1943/44 hat sie ebenso vermittelt wie den zur Apokalypse 1941/42 und war damit eine wichtige Stütze für den Maler, der im Exil ohne regelmäßiges Einkommen und halb im Verborgenen arbeiten musste. Beckmann stellte seine Mäzenin in einer Reihe von Bildnissen dar. Lilly von Schnitzler ist – neben seinen beiden Ehefrauen – eine der fünf Frauen, die der Maler auf seinem 1935 entstandenen Großen Frauenbild verewigt hat. Sie selbst besaß 22 Gemälde Beckmanns aus den Jahren 1924 bis 1949.

Der Befreite von 1937 war eines von Beckmanns zentralen Werke der Exilzeit im Besitz Lilly von Schnitzlers. Über dieses – vor allem vor dem Hintergrund des Zeitgeschehens – bedeutsame Werk äußerte Max Beckmann Ende Mai 1939 aus dem italienischen Abano, wohin ihn Lilly von Schnitzler aus Amsterdam eingeladen hatte, anerkennend Quappi gegenüber, dass jene „wirklich enormes“ für ihn tue „in diesem traurigen Deutschland, sogar den Entfesselten [=Der Befreite] hat sie bei sich aufgehängt und zeigt ihn allen Leuten  -  immerhin  -  allerhand“.

Knapp die Hälfte der Beckmann-Gemälde ihrer Sammlung verkaufte Lilly von Schnitzler – weit unter dem damaligen Verkaufspreis – an das Kölner Wallraf-Richartz-Museum, von wo aus sie später in das Museum Ludwig gelangten.

In ihrem bayrischen Domizil in Murnau, dem „Haus Lilamor“, fand am 8. Februar 1953 eine der beiden Gründungsversammlungen der Max Beckmann Gesellschaft (heute: Freunde des Max Beckmann Archivs e. V.) statt. Lilly von Schnitzler gehörte dem Vorstand der ersten Max Beckmann Gesellschaft an und war ihre Schatzmeisterin.