Unmittelbar nach Beginn des Zweiten Weltkrieges hatte Heinz Trökes eine schwere Entscheidung zu treffen. Er brach sein Schweizer Exil ab und reiste zurück nach Deutschland. Mehrfach äußerte er in seinem Tagebuch die Hoffnung, die Rückkehr möge von kurzer Dauer sein. Trökes deutscher Studierendenausweis aus dem Sommersemester 1940 belegt, dass dieser Wunsch unerfüllt blieb.

Nach seiner Wiedereinreise im Herbst 1939 konnte sich Heinz Trökes ins heimatliche Krefeld durchschlagen. Seine Lage war misslich. An Verkäufe seiner Kunst war unter dem Diktat der Nationalsozialisten nicht zu denken. Aus Vorsicht signierte Trökes seine Werke auch nicht mehr mit vollständigem Namen. Für Textilentwürfe gab es kaum Nachfrage. Wegen des Krieges lag die Modebranche darnieder. Zudem lebte Trökes mit der ständigen Sorge vor einer Einberufung. In dieser spannungsreichen Zeit fasste er den Entschluss, noch einmal zu studieren. Heinz Trökes trat in Krefeld in die Höhere Fachschule für Textile Flächenkunst ein, genauer gesagt in eine Meisterklasse bei Georg Muche. Nach dem dortigen Ausbildungsjahr versprach sich Trökes bessere Anstellungschancen in der Textilbranche. Noch lieber wäre er jedoch wieder ins Ausland gezogen.

Zwischen keiner dieser beiden Optionen durfte Trökes schließlich wählen. Es verging nämlich kein Jahr bis zu seiner Verpflichtung zum Militär. Erst nach 1945 konnte Trökes wieder freiheitlich seiner Kunst nachgehen – und an fernen Orten leben, nun freilich nicht mehr „im Exil“.