Der Neubeginn der Pfeffermühle in Zürich ging nicht ohne Schwierigkeiten vonstatten. Zwar war Erika Mann mit Therese Giehse, Magnus Henning und Sybille Schloss der Kern des Ensembles ins Schweizer Exil gefolgt, doch unterlag die Genehmigung für die Eröffnung des Kabaretts mehreren Auflagen der Schweizer Fremdenpolizei. Zum einen war es Bedingung, dass mindestens zwei Schweizer im Ensemble beschäftigt werden mussten. Zum anderen war eine Spielerlaubnis nur unter der hartnäckigen Betonung des Literarischen zu erreichen, da das Schweizer Asylrecht Verfolgten kein Asyl gewährte, „wenn sie auf unserem Gebiet ihre Umtriebe und Angriffe auf die Existenz und Rechtssicherheit anderer Staaten fortsetzen“ (zitiert nach: Helga Keiser-Hayne, Beteiligt euch, es geht um eure Erde, 1990)  – eine Gratwanderung bis zuletzt.

Das Kabarett eröffnete am 30. September 1933 im Theatersaal des Züricher Hotels „Hirschen“. Publikum und bürgerliche Presse reagierten begeistert. Auch in der anschließenden Tournee durch die Schweiz spielte die Pfeffermühle vor ausverkauften Sälen.

Im Laufe der drei Exilprogramme vollzog die Pfeffermühle eine stetige politische Radikalisierung. Zwar blieb man dem Prinzip der Verschlüsselung treu und nannte keine Namen, doch stand das Kabarett auch unter Beobachtung des Deutschen Reiches. Bereits im Februar 1934 geriet Thomas Mann, wie aus einem Tagebucheintrag ersichtlich ist, wegen der „Unvorsichtigkeiten“ seiner Tochter ins Kreuzverhör, als er beim deutschen Generalkonsul seinen Pass verlängern wollte. Und auch auf Seiten der Schweizer Nationalisten traf das „Emigrantenkabarett“ zunehmend auf Widerstände.